في القرن 7 الهجري/ 13 الميلادي وبعد الهجوم المغولي من قبل هولاكو خان تضرر الجامع الكبير فقام المماليك بإعادة بنائه بشكل شامل وتم استبدال السقف الخشبي للقبلية بالتسقيف بواسطة الأقبية المحمولة على دعامات. تم استبدال المحراب من قبل السلطان المملوكي قلاوون، وتم ذكر اسمه فوق المحراب الحالي، مع اسم والي حلب الأمير المملوكي قراسنقر الجوكندار والتاريخ 684هـ/1285م: “بسم الله الرحمن الرحيم أمر بعمارته بعد حريقه مولانا السلطان الأعظم الملك المنصور سيف الدنيا والدين قلاوون أعز الله نصره بالإشارة العالية المولوية الأميرية الشمسية قراسنقر الجوكندار الملكي المنصوري كافل المملكة الحلبية المحروسة أثابه الله وحرسه وتملا من عنده في رجب سنة أربع وثمانين وستمائة”.