تقع غرفة ضريح النبي زكريا – وهو والد النبي يحيى أو يوحنا المعمدان في التراث المسيحي – إلى يسار (شرق) المحراب الرئيسي، ليقابل بذلك المحور المركزي لقاعة الصلاة، وقد أغلق قوس الضريح بحاجز شبكي من النحاس، أما غرفة الضريح فتعلوها قبة صغيرة. رممت غرفة ضريح النبي زكريا وزخرفت وذكر ذلك في النص الكتابي المطول فوقها مع التاريخ 1120هـ/1798م. تظهر في غرفة ضريح النبي زكريا خصائص من الفترة العثمانية. حيث فرشت جدران الغرفة بأنماط مختلفة من بلاطات الخزف. النمط الأول من الخزف هو نمط فريد من بلاطات ثمانية الأضلاع مقتبسة بزخرفتها من نمط خزف إزنيق الملون بالأزرق والأبيض من القرن 16 مع نمط الزهور الممتلئة. النمط الثاني من الخزف يشابه نمط خزف قبة الصخرة. وهناك نمط ثالث مستطيل الشكل مزخرف بأنماط متصالبة مع تقوسات مدببة الحواف، ضمن توريقات وأغصان ملتفة ظهرت بنظامين لونيين مختلفين: الأول باللون الأسود على خلفية فيروزية والثاني بني مؤطر بلون أخضر تفاحي على خلفية بيضاء.