لقد تعرضت مباني مجمّع وقف إبشير باشا لأضرار كبيرة نتيجة تفجيرات لعبوات الأنفاق في نيسان 2015 تحت عدة أجزاء منها، أهمها الخان في الشمال والقيساريتين الشرقية والغربية إلى الجنوب منه. ولا يمكن إعطاء تقييم نهائي لنوع وحجم الضرر إلى حين إزالة الركام، مع تقدير مساحة الدمار بنسبة 60%. ومن المرجح أن تكون نسبة الفقدان عالية في الأجزاء التي تعرضت للتفجير المباشر. أما المقهى والجامع في جنوب الوقف، وهما أهم بنائين في مجمّع الوقف من ناحية تفردهما المعماري والزخرفي، فقد نجى كلاهما (جزئياً) من التدمير. فقد بقيت قاعة المقهى الرئيسة مع بعض الضرر، حيث انهارت القبة الرئيسية وفانوسها، بينما فُقدت واجهته المميزة بزخارفها مع صف الرواق الأول الجنوبي ذو القبوات.